رودخانه کارون در مسیر جریان خود محل ورود و تخلیه فاضلاب های خانگی، پساب های صنعتی و زه آب های کشاورزی بسیاری است. با توجه به اینکه هر رودخانه تا حدود معینی ظرفیت پذیرش آلاینده های ورودی و خودپالایی آن ها را دارد، بنابراین امروزه آگاهی از روند تغییرات توان خودپالایی از اهمیت زیادی برخوردار است. در این پژوهش تغییرات توان خودپالایی رودخانه کارون در سال های 2008 و 2014 در بازه زرگان تا کوت امیر به طول 42 کیلومتر مورد بررسی قرار گرفته است. بدین منظور ابتدا تغییرات پارامتر هایBOD, EC, pH در سال های 2008 و 2014 برای دو ماه دی و مرداد توسط مدل کالیبره شده Qual2kw شبیه سازی گردید، سپس با داده های مشاهداتی در ایستگاه های زرگان، پل پنجم و کوت امیر مقایسه شد. جهت مقایسه داده های مشاهداتی با داده های محاسباتی از مربع ضریب همبستگی (R2) و متوسط خطای مطلق (MAE) استفاده شده است. نتایج نشان دهنده عدم خودپالایی مولفه هدایت الکتریکی (EC) در رودخانه کارون برای سال 2008 و عدم خودپالایی مولفه اکسیژن خواهی بیوشیمیایی (BOD) در سال 2014 بوده است. همچنین بهترین شبیه سازی مدل برای پارامتر pH بدست آمد و در رتبه های بعدی به ترتیب مولفه EC و BOD قرار گرفتند.